技術(shù)要求高，普遍推廣較困難
因作物不同品種和不同生長階段對養(yǎng)分的需求不同，導致營養(yǎng)液的配置與管理需要有接受過技術(shù)培訓的專業(yè)人員完成，不能廣泛地被一般的勞動者所掌握．營養(yǎng)液配置時所用的專用化肥，市場上不易買到，并且價格高昂。
廢棄液存在污染環(huán)境的風險
無土栽培離不了營養(yǎng)液，與營養(yǎng)液配制相配套需一系列設(shè)備，如，測試系統(tǒng)、循環(huán)泵等，并且如果是開放式栽培技術(shù)，存在廢棄營養(yǎng)液硝酸鹽含量高，排放后易引起水體富營養(yǎng)化的危險；
缺乏專用品種的選育
由于無土栽培系統(tǒng)的特殊性，迫切需要選育滿足植物根系抗病害、耐低溫、弱光、優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)的實用型專用品種，不僅可以提高作物的產(chǎn)出率，還可以創(chuàng)新產(chǎn)品市場，豐富產(chǎn)品類別，如廣西壯族自治區(qū)棗樹矮化進行無土栽培。
政府的扶持力度不夠
目前國內(nèi)出臺了很多惠民政策，其中就包括農(nóng)機具補貼，但大多數(shù)省份就只有設(shè)施大棚有補貼，而實現(xiàn)無土栽培自動化及智能化所需要的智能溫室并不在扶持范圍內(nèi)。